STUDI PENAMBATAN DAN DINAMIKA MOLEKULER SENYAWA DERIVAT ISOTIOSIANAT TERHADAP PROTEIN QSEC SEBAGAI UPAYA PENEKANAN VIRULENSI ESCHERICHIA COLI O157:H7

Fathan Mubiin Ibnu Ismail, . (2025) STUDI PENAMBATAN DAN DINAMIKA MOLEKULER SENYAWA DERIVAT ISOTIOSIANAT TERHADAP PROTEIN QSEC SEBAGAI UPAYA PENEKANAN VIRULENSI ESCHERICHIA COLI O157:H7. Skripsi thesis, Universitas Pembangunan Nasional Veteran Jakarta.

[img] Text
ABSTRAK.pdf
Download (141kB)
[img] Text
AWAL.pdf
Download (639kB)
[img] Text
BAB 1.pdf
Restricted to Repository UPNVJ Only
Download (215kB)
[img] Text
BAB 2.pdf
Restricted to Repository UPNVJ Only
Download (1MB)
[img] Text
BAB 3.pdf
Restricted to Repository UPNVJ Only
Download (386kB)
[img] Text
BAB 4.pdf
Restricted to Repository UPNVJ Only
Download (1MB)
[img] Text
BAB 5.pdf
Download (186kB)
[img] Text
DAFTAR PUSTAKA.pdf
Download (270kB)
[img] Text
RIWAYAT HIDUP.pdf
Restricted to Repository staff only
Download (236kB)
[img] Text
LAMPIRAN.pdf
Restricted to Repository UPNVJ Only
Download (4MB)
[img] Text
HASIL PLAGIARISME.pdf
Restricted to Repository staff only
Download (15MB)
[img] Text
ARTIKEL KI.pdf
Restricted to Repository staff only
Download (2MB)

Abstract

Protein QseC berperan sebagai sensor utama pada sistem two-component signaling Escherichia coli O157:H7 dan mengaktifkan regulasi virulensi sebagai respon terhadap AI-3, epinefrin, dan norepinefrin. Penelitian ini menganalisis afinitas dan kestabilan pengikatan derivat isotiosianat terhadap QseC menggunakan pendekatan in silico untuk menilai potensi senyawa tersebut sebagai inhibitor antivirulensi. Model QseC dibangun menggunakan AlphaFold dan divalidasi melalui pLDDT, pTM, PAE, Ramachandran, dan MolProbity. Penambatan molekuler dilakukan terhadap LED209 sebagai kontrol positif serta lima derivat isotiosianat, yaitu alil isotiosianat, benzil isotiosianat, fenetil isotiosianat, fenil isotiosianat, dan sulforafen. Hasil penambatan dilanjutkan dengan simulasi dinamika molekuler selama 2 ns untuk mengevaluasi kestabilan kompleks melalui energi potensial, RMSD, RMSF, dan profil ikatan hidrogen. Hasil penambatan menunjukkan bahwa LED209 memiliki energi bebas ikatan terbaik (ΔG ≈ –9,86 kkal/mol), sedangkan derivat isotiosianat menunjukkan afinitas sedang (ΔG –3,58 hingga –5,60 kkal/mol). Simulasi dinamika molekuler menunjukkan bahwa seluruh kompleks berada dalam kondisi energi stabil tanpa perubahan struktural besar, dengan ikatan hidrogen ligan isotiosianat yang bersifat lebih dinamis dibandingkan LED209. Hasil ini menunjukkan bahwa derivat isotiosianat mampu mengenali kantung pengikatan QseC, namun masih memerlukan optimasi struktur untuk meningkatkan potensi penghambatan.

Item Type: Thesis (Skripsi)
Additional Information: [No.Panggil: 2210212050] [Pembimbing: Eldiza Puji Rahmi] [Penguji 1: Dhigna Luthfiyani Citra Pradana] [Penguji 2: Aulia Farkhani]
Uncontrolled Keywords: Isothiocyanates, Molecular docking, Molecular dynamics, QseC
Subjects: Q Science > QD Chemistry
Q Science > QH Natural history > QH301 Biology
Divisions: Fakultas Kedokteran > Program Studi Farmasi (S1)
Depositing User: FATHAN MUBIIN IBNU ISMAIL
Date Deposited: 28 Aug 2026 03:51
Last Modified: 28 Aug 2026 03:51
URI: http://repository.upnvj.ac.id/id/eprint/50826

Actions (login required)

View Item View Item